अदालत ने विस्फोट मामले में प्रज्ञा ठाकुर और छह अन्य आरोपियों को बरी करते हुए कहा कि घटना से पहले ही उन्होंने संन्यास ले लिया था और जीवन की सभी भौतिक वस्तुओं का त्याग कर दिया था।
विस्फोट के सत्रह साल बाद, मुंबई की एक विशेष एनआईए अदालत ने 2008 के मालेगांव विस्फोट मामले में पूर्व भाजपा सांसद प्रज्ञा सिंह ठाकुर और लेफ्टिनेंट कर्नल प्रसाद पुरोहित सहित सभी सात आरोपियों को बरी कर दिया है।
विशेष न्यायाधीश ए.के. लाहोटी ने यह फैसला सुनाया।